A ANT-ECP organiza-se no território Nacional a dois níveis, território continental e regiões Autónomas dos Açores e da Madeira, sendo cada um destes níveis financeiramente autónomo e responsável pela sua administração.
Por razões organizativas, está a ANT dividida em quatro regiões geográficas: Norte, Centro, Sul e Ilhas.
- Região Norte: Braga, Bragança, Porto, Viana do Castelo e Vila Real;
- Região Centro: Aveiro, Castelo Branco, Coimbra, Guarda, Leiria e Viseu;
- Região Sul: Beja, Évora, Faro, Lisboa, Portalegre, Santarém e Setúbal;
- Região Ilhas: Regiões Autónomas dos Açores e da Madeira.